广深港高铁西九龙站口岸位于香港特别行政区境内，为国际性常年开放铁路客运口岸，于2018年9月23日正式对外开放。西九龙站内设立香港口岸区和内地口岸区，按照“一地两检”模式进行出入境查验，由双方分别按照各自法律，进行出入境监管查验。

高铁西九龙站共有四层地下楼层，总建筑面积为38万平方米。地下一层为售票大厅，地下二层为抵达层，地下三层为离港层，地下四层为列车站台，口岸日设计通关流量为20万人次。其中，内地口岸区总建筑面积约10.9万平方米，出入境大厅各设置30条自助和18条人工查验通道；香港口岸区总面积约2.41万平方米，入境大厅设置人工柜台66个，自助通道22条，离境大厅设置人工柜台32个，自助通道29条。西九龙站口岸的设立和开放，不仅提高了通关便利化水平，同时也丰富了“一国两制”实践，为内地同香港深化合作，使香港特别行政区能更好地融入国家发展大局，尤其是对粤港澳大湾区的创新实践提供了有益借鉴。