负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。承担信息、综合文稿、保密、信访等工作。承担财务、口岸管养经费专项审计等工作。负责党群、纪检工作。承担干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、离退休人员服务等工作。承担机关党委日常工作。

　　负责口岸发展战略、改革性政策文件等起草工作。研究口岸查验方式和监管模式创新。组织口岸对外交流活动，牵头开展口岸对港澳事务协调，服务口岸经济发展。承担政务公开、新闻宣传工作。组织起草有关地方性法规和规章草案。承担规范性文件内部合法性审查、行政应诉工作。

　　负责陆路口岸（含广深港高铁西九龙站口岸）的现场监管及物业管养工作。督促口岸查验单位依法履职，推进陆路口岸查验方式和监管模式创新。牵头安全生产、应急等工作，协助开展口岸反恐、维稳、打私和扫黄打非等工作。承担陆路口岸通关时间调整事项的报批和组织实施。对接陆路口岸相关部门和企业，归口受理陆路口岸查验单位向市政府提出的通关业务保障需求。牵头口岸综合绩效评估工作。

　负责海空港口岸的现场监管。负责已开放范围内新改扩建的码头（泊位）、航站楼等涉外作业区对外开放启用的审批和验收。牵头优化口岸营商环境工作。承担海空港口岸通关时间调整事项的报批和组织实施。对接海空港口岸相关部门和企业，归口受理海空港口岸查验单位向市政府提出的通关业务保障需求。

　　承担口岸规划建设有关工作。研究全市口岸布局规划，拟订建设改造计划并组织实施，负责口岸建设的协调管理等工作。负责陆路口岸用地范围内的商业空间规划。负责口岸设立、开放、关闭、退出、功能优化调整的报批和组织实施。组织申报口岸政府投资项目计划和重大项目计划。

　　牵头开展口岸数字化（智慧口岸）工作，负责口岸数字化的总体规划研究、需求分析、系统建设及后期运维等工作。协调口岸公共数据的共享开放和利用。承担机关办公信息化、网络安全等相关工作。协调口岸查验单位数字化建设工作。

　　承担口岸国有资产管理工作，组织开展口岸国有资产的清查、建档、审核、移交、接收、配置、使用、监督检查、运行维护、节能减排等工作。负责陆路口岸管养和商业运营的主体招标、绩效考核等工作。负责原特区管理线检查站管理维护和安全生产工作。负责口岸非税收入管理。承担机关内部审计工作。