皇岗口岸于1985年5月动工兴建，于1988年11月30日经国务院批准后，对外开放，1989年12月29日货运部分启用通车，1994年11月3日货检通道24小时通关，2003年1月27日实行旅检通道24小时通关。2019年6月正式启动皇岗口岸重建项目，拆除老旅检区，建成临时旅检楼。2025年12月21日零时取消皇岗口岸货检功能。2026年10月12日上午6时30分正式启用皇岗口岸联检大楼，同时暂停往来深圳皇岗口岸临时旅检楼和香港落马洲管制站的旅检服务。

皇岗口岸是深港两地重要的24小时通关综合性陆路口岸，位于深港中轴区域，与香港新界落马洲隔河相望，地处对接香港最前沿，距离福田中心区约2公里，总占地面积8.75万平方米，总建筑面积68.97万平方米。整栋大楼垂直叠放，分为地下4层、地上5层，楼高60米，立体布置旅客查验、车辆查验、交通接驳等功能，共设置134条合作查验快捷通道、68条人工通道、28条“五合一”车辆合作查验通道。设计日通关量为近期20万人次、远期峰值30万人次。